Trondheim misjonskirke ble grunnlagt i 1859, og er dermed en av Norges eldste frikirker. Vi er en del av Misjonskirken Norge, som ble stiftet i 1884.
Det var store vekkelser i Norge på 1850-tallet, og etter at dissenterloven kom i 1845 (en lov som åpnet muligheten for andre kristne trossamfunn enn Den norske kirke å etablere seg i landet) vokste de første frimenigheten nå fram. 60 mennesker i byen gikk sammen om å stifte ”Trondhjem frimisjons menighet”. Man flyttet rundt i byen, i ulike lokaler med navn som Betel, Betlehem og Elim, helt fram til byggingen av de nåværende kirkelokalene i 1964.
Menigheten startet i vekkelse, og også senere var det gjennom vekkelser at det vokste og utviklet seg. Først og fremst Mangs-vekkelsen, men også Jesusvekkelsen fikk innflytelse på Trondheim misjonskirke.